Os rios e o relevo destacam-se na paisagem de Alfredo Wagner. Na cidade, de confluência, primeiramente dos rios, Caeté e Águas Frias, posteriormente a algumas centenas de metros adiante, do Rio Caeté e Adaga forma o rio Itajaí do Sul.
Provavelmente essa rede hidrográfica tenha estimulado a escolha do local e facilitado a formação da cidade de Barracão, pois os rios no início da colonização eram importantes fontes de água, de alimento, de energia hidráulica e escoamento de dejetos. A vila de Barracão evoluiu e persistiram seus moradores às margens dos rios originando a Cidade de Alfredo Wagner.
Os principais formadores do Rio Itajaí do Sul:
Os Rios Caeté e Águas Frias se encontram na cidade de Alfredo Wagner 300m, a montante da ponte da BR-282, e a 600m a juntante da ponte chega ao Rio Adaga. Deste ponto em diante passa a chamar-se Rio Itajaí do Sul, numa extensão de 84km até atingir a cidade de Rio do Sul.
Principais Alfluentes dos três maiores rios do municipio:
· Rio Adaga: Alimentado dentre outros pelo Rio da Casa Velha, Rio das Furnas, Rio Araça, Arroio da Invernadinha, Rio do Lessa; Rio Braço Direito, Córrego das Furnas.
· Rio Águas Frias: Alimentado dentre outros pelo Rio São João; Arroio Grande; Rio Combréia; Rio Januário; Rio dos Porcos.
· Rio Caeté: Que é formado dentre outros pelo Rio Perito; Arroio Santa Bárbara; Arroio do Pingo. Finalmente chegamos ao Rio Lajeado, que nasce no Morro Lajeado, limite com Bom Retiro e Anitápolis, que é a nascente principal do Rio Itajaí-Açu.
Contudo, a ocupação urbana do solo influenciou a dinâmica dos rios com o aterro das margens, a construção nas margens dos muros de gabião na sede, para conter a erosão, a dragagem do leito dos rios, o esgotamento sanitário nas águas, a disposição de resíduos sólidos nas margens e águas e a ocupação nas planícies de inundação dos rios. Portanto, a população está vulnerável às inundações e às possíveis doenças de veiculação hídrica ao mesmo tempo em que os rios estão vulneráveis na qualidade de seu ecossistema fluvial.
Os recursos hídricos do município são utilizados tanto para o abastecimento humano, diluição de dejetos, irrigação e atividades recreativas.
