De inicio a vila de Barracão pertencia ao distrito de Catuíra que por sua vez pertencia ao município de Bom Retiro. Com o passar do tempo Barracão desenvolveu-se, adquiriu representatividade e começou a buscar sua autonomia. Foi em 1957 que a câmara de vereadores de Bom Retiro aprovou a Lei numero 116 de 24 de outubro criando o distrito de Barracão.
Em 1960, a população total do distrito de Catuíra e de Barracão era de 7.092 habitantes evidenciando-se o predomínio da população rural. Esse número correspondia a 45,1% da população de Urubici.
A resolução numero 5, de 21 de dezembro de 1961, da Câmara municipal de Bom Retiro eleva o distrito de Barracão à categoria de município. Quatro anos após ser reconhecido como distrito, em 21 de dezembro de 1961 a assembleia legislativa de Santa Catarina homologa a Lei 868 que institui o município de Barracão, desmembrado do município de Bom Retiro. Ainda em dezembro aconteceu a instalação do município através do decreto nº 868 do governador de Santa Catarina. Através do mesmo decreto o então distrito de Barracão passa a denominar-se de município de Alfredo Wagner.
Quando da emancipação do município o major Pedro Weinhart Borges foi nomeado pelo governo do estado o primeiro prefeito de Alfredo Wagner exercendo o governo provisório de 29 de dezembro de 1961 a 31 de janeiro de 1963. A primeira eleição municipal ocorreu em 1963, onde foi escolhido Alfredo Wagner Júnior o primeiro prefeito eleito do município.
Em 1963 o município já representava as quatro unidades administrativas atuais – distritos: Catuíra (que passou a ser distrito de Alfredo Wagner) São Leonardo, Arnópolis e o Distrito – Sede – Alfredo Wagner.
